تأسس مركز توثيق الانتهاكات في سوريا VDC في حزيران/ يونيو من العام 2011 بهدف ضمان توثيق دقيق ومستقل لجميع أنواع انتهاكات حقوق الإنسان في سوريا و بناء قاعدة بيانات لكافة عمليات المساءلة والعدالة المستقبلية في سوريا.

وبحلول عام 2012 تحوّل الصراع في سوريا إلى نزاع مسلّح (حسب التوصيف القانوني للجنة الدولية للصليب الأحمر) مع انطباق اتفاقيات جنيف والقانون الدولي الإنساني العرفي وذلك بعد أن ازدادت عمليات القتل التعسفي وغيرها من انتهاكات حقوق الإنسان كالسجن بدون محاكمة والتعذيب بشكل ممنهج.

كل هذه التطورات، والتي ترافقت مع حملة الحكومة السورية ضد الأشخاص الذين يعتقد أنهم يقدمون تقارير عن الأوضاع في سوريا (كالصحفيين والمدونين ونشطاء وسائل التواصل االجتماعي، إلخ) قد دفعت المركز إلى توسيع دوره ليشمل تغطية هذه الانتهاكات المنهجية الجديدة.

 ويعمل مركز توثيق الانتهاكات كأحد مشاريع برنامج العدالة و سيادة القانون ضمن المركز السوري للإعلام و حرية التعبير و التي تشمل إلى جانب مركز توثيق الانتهاكات كل من مشروع التقاضي الاستراتيجي و مشروع دعم روابط الضحايا. 

ويشمل فريق مركز توثيق الانتهاكات عدد كبير من الموظفين والاتصالات داخل الأراضي السورية حيث يتواجد هؤلاء في جميع المحافظات السورية ومعظم مدنها إضافة إلى دول الجوار. ويتعرض أعضاء هذا الفريق لمخاطر كبيرة أثناء عملهم في توثيق انتهاكات حقوق الإنسان وانتهاكات القانون الإنساني الدولي التي ترتكبها الحكومة السورية والجهات المسلحة الأخرى الفاعلة في النزاع.

يصدر مركز توثيق الانتهاكات عدد كبير من التقارير الدورية و النوعية و التي تعتبر  مرجعاً موثوقاً للقانونيين ووسائل الإعلام بسبب منهجيته الصارمة في توثيق الانتهاكات وتمسكه بالمعايير القانونية في التوثيق بغض النظر عن الطرف المرتكب للانتهاك.

تعرض مركز توثيق الانتهاكات كما باقي مشاريع و برامج المركز السوري للإعلام و حرية التعبير لتحديات كبيرة أبرزها كان اعتقال ١٦ شخصا من الكادر العامل في المركز في عام 2012 و من بينهم المدير العام للمركز السوري للإعلام و حرية التعبير مازن درويش من قبل السلطات السورية في دمشق، حيث استمر هذا الاعتقال  لما يقارب ع سنوات. 

وفي ليل 9 ديسمبر / كانون الأول 2013، اقتحمت مجموعة من المسلّحين مكتب مركز توثيق الانتهاكات في دوما واختطفت رئيسته رزان زيتونة وزملائها وائل حمادة وسميرة الخليل وناظم حمادي. ولم ترد أنباء عن مكان وجودهم منذ ذلك الحين.

على الرغم من ذلك، تابع فريق مركز توثيق الانتهاكات العمل بتوجيه من مجلس الإدارة الذي سعى لضمان مأسسة العمل و الاستمرار في تطوير الأدوات و التشبيك مع باقي المنظمات الحقوقية، و قد وسع مركز توثيق الانتهاكات في نهاية عام 2019 نطاق عمله لينشئ وحدة لرصد الانتهاكات بحق اللاجئين في عدد من الدول، كما أن قاعدة بيانات مركز توثيق الانتهاكات أضحت تشكل ركيزة أساسية لبناء عمليات التقاضي و غيرها من عمليات التحقيق في الجرائم المرتكبة في سوريا.